文官官制改革比起军制改革来复杂得多。没有办法，这一改革直接关系着百万读书人的利益，任改改动都影响着无数学子的命运，稍有不慎就可能引发灾难性后果。元朝是怎么完蛋的？原因有很多，其中最重要的一条就是降低了读书人的地位，将读书人打成了老九————差不多是跟乞丐、娼妓的地位差不多了。那些读书人没了出路，自然要造反的，偏偏元朝又很能作死，所以这个超级大国一下子就被弄死了，渣都没剩下来。所以到了明朝中叶，大家明知道现有的制度有很大问题也不敢去动，宁可抱残守缺混下去也不敢改革，害怕重蹈元朝的复辙呢。
不过朱聿键没有这方面的顾虑。这一仗把大半个大明给打烂了，没了那么多坛坛罐罐，他反而可能放开手脚，大刀阔斧的进行改革，而崇祯就绝对做不到。他比崇祯更有优势的地方就在于，他长时间生活在民间，对大明现行的制度的弱点看得一清二楚，而崇祯能看到的只有紫禁城这一方天地，知道有问题，却不知道问题出在哪里。
隆武新政关于文官官制改革的第一条就是，废除次辅和枢辅，首辅改名为首相，内阁最高权力系于首相一身。首相由军政两界最杰出的人才竞选产生，皇帝无权任命，不得干涉竞选，不管选上来的是谁，只要程序合法，皇帝都必须予以承认。同样，皇帝也无权罢免首相，如果首相有大的过错，可以向皇帝提出辞职，皇帝随意罢免首相是违反宪法的，内阁不会通过。这一条得到众多文官的一致同意，撤掉次辅和枢辅让首相少了很多掣肘，可以集中精力去干自己想干的事情，而大明的首辅绝大多数精力都用来防自己人和整自己人上面了，这很不好。皇帝不得任命、罢免首相这一条更是大妙，崇祯这些年都他娘的换了多少个首辅啦？唯一不妙的是，这极大地限制了皇帝的权力，差不多把皇帝给架空了……但是对于大明来说这根本就不算个事，皇帝被架空那是常态，现在只不过是把这种常态程序化、合法化而已！
原本首辅下辖的四部，兵部改为军部，主管全国军事，由两位元帅掌握这一部门，文官无权插手。吏部原有权限不改，工部则细分开来，分为农业部、工业部、水利部、交通部，分别负责农业生产、工业发展、水利工程、修建道路和桥梁，这四个部门平级，不分大小。兵杖局改名为军工部，划归军部，负责研制和生产武器装备，直接对军队负责，内阁无权插手军工研究和生产，否则等同于干涉军事。户部拆分为国土资源部、统计部、税务部、财政部，分别负责管理全国国土资源、统计人口数据和田亩数据、征税以及财政收支管理，以上四部都是平级，各自负责自己部门的事情，哪个部门出了问题，内阁直接找该部门老大算账，他们还想像以前有个户部那样什么都往户部尚书身上推，再由户部尚书和稀泥，那是不可能的。同时还要成立教育部，专门负责推行全国性的义务教育和高等教育，教育部同样跟以上八个部门平级。
这些部门再加上军部，基本上构成了帝国的框架。
九部之下就是省级官员了。省级官员撤掉巡抚和巡按，一省大权归于总督一身。总督之下设人事部、交能部、水利部、工业部、国土资源部、统计部、税务部、财政部、教育部，除此之外还要设立卫生部和法院。尤其是卫生部，非常重要，除了培养医学人才、开设医院之外，防止瘟疫，一个地方如果发生了大规模疫情没有得到有效控制，中央直接找总督算账，总督则会在自己完蛋之前先把卫生部部长掐死。府、县两级行政机构的结构跟省级基本一样，只是级别低了而已。这一轮改革下来，让每一个县都具备了相对独立的行政行力，就算是世界末日到了，各地方也可以依靠原有的行政体系迅速作出反应，从而避免以前那种一旦皇帝被打掉整个帝国就完蛋的操蛋格局。
县以下就是镇、乡、村三级行政机构了。帝国新政规定，乡长和村长必须由竞选产生，镇长由县官任命，乡长和村长竞选的结果必须得到县官的承认，县官任命的镇长必须得到县公民代表大队和知府的承认，否则就是违法的。这一举措直接打破了皇权不下乡的格局。以前乡镇一级基本上都是地方宗族说了算，皇权能管到的，顶多也就是县一级而已，县以下的完全是独立王国，现在还想玩这套可就行不通了。同时新政还规定，乡长、镇长有权竞选县长，只要他的政绩足够出色。而当上了县长之后，基本上就是天高海阔了。这一条是安地方宗族势力的心的，总得给人家一个上升渠道吧？
新政第二条：所有官员的收入情况必须公开，所有官员都有义务对巨额财产的来源作出合理的解释，否则视同受贿。所有官员都有纳个人所得税的义务，而且收入越高纳得就越多，逃税和瞒报罪加一等。同时还规定：知府以上官员收受贿赂超过一百银元者，一律撤职，流放海外，知县及知县以下级别的官员可以收贿赂，但不准办事，收了钱之后敢给人家办事的，两罪并发，罪加一等，至于是被扔到海外开荒还是在国内修路，就看情节轻重了。这一条差不多是要了所有官员的命，收入情况公开，这叫他们怎么收受贿赂哦！可以收钱但不准办事……听起来很好，但是收钱不办事的，鬼才给你送钱！
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