火影中的“三界”
首先，明确一点，在火影的世界观中，不存在“阴界”的说法。就是类似龙珠里头上带个圈，能够保留意识和肉体继续“活”着，继续修行，通过某种手段（界王、占卜婆婆）能够和阳界保持联系，甚至影响到阳界的发展趋向。
在火影的世界观中——人死透了，便真的是死透了！
秽土出来的柱间并不认识水门！秽土出来的斑以为是轮回天生！死者只能保留生前的记忆和能力。
因此，整部漫画主线剧情所描述各种事件发生的场所，也就是——阳界——也就是一切生命形式活动的场所。
其次，火影的世界由于幻术、查克拉以及个别忍术的元素，综合起来构成了第二个界，也就是——意识界（精神界）。
意识界包括：1、身心转换术的作用原理。
2、各类幻术的控制，点名月读（无限月读）、蛤蟆临唱。
3、尾兽和人柱力封印空间。
4、查克拉意志遗留，鸣人爸妈、大蛇丸的咒印、带土送挂、六道送挂。
第三界，也是最复杂最模糊的界，我个人命名为“次阴界”，因为这个“次阴界”部分情况满足“阴界”的特征，但是又和“阴界”有很大的不同，并且的的确确存在这么一个模糊的“界”充当净土的功能——亡灵贮存。
首先，我们可以明确的是，能够导致忍者死亡有三种方式：
第一：忍者受到致命伤，致使躯体无法满足生命支撑（角都暴毙）；
第二：查克拉耗尽（卡卡西神威导弹、八门死门）；
第三：失去灵魂（人间道抽魂）；
PS：封印术的效果根据术的不同，分属上述分类。比如说尸鬼封印、幌金绳七星剑组合杀属于第三类，幻九龙封印强行抽查克拉属于第二类，虎视眈眈、四象封印、地爆天星直接连人打包带走属于第一类。
那么，这个“次阴界”又包括（盘点）以下几种情况：
1、卡卡西（白牙）的弥留
在火影的世界中，查克拉确实是可以拥有独立意识的
注意：是可以，不是绝对。题主提到的螺旋丸当然没有独立意识
至于查克拉、灵魂、意识，这三者到底是什么关系
其实，除了火影初期那个世界观混沌开，各种设定野蛮生长的时候，诞生了如“秽土转生”这类从全篇角度看都是大坑 大bug的招式以外
岸本在火影中很少提到“灵魂”这个概念，甚至让人感觉，对其有一种避而不谈的态度（当然，火影中这种东西太多了，基本都是各种岸本的笔力驾驭不了的东西）
而那些貌似以“灵魂”状态行事的人
都是用查克拉来承载意识
火影世界中，能分出一部分查克拉，并且带有独立意识的人，题主列举了一些
譬如四代将九尾分割成两个，两个九尾之间各自有独立意识
大蛇丸在咒印中注入了自己的查克拉，因此随时能从任意一个咒印中复活
因陀罗和阿修罗的所谓“转生”，其实就是查克拉附体到后世身上，而非灵魂转生
其实还有
譬如，四代在封印九尾的时候，把自己和玖辛奈的查克拉一同封印了进去，然后两个人就算死了，他们的查克拉依然能够在关键时刻帮助鸣人
九大尾兽都可以做到，九尾被四代分割，纯属被迫的
在鸣人首次九尾化的时候，四尾开头，二、三、五、六、七等五个尾兽，分别送给了鸣人一点查克拉，然后就在鸣人体内形成了新的尾兽
在本体被封印进魔像之后，鸣人体内的尾兽查克拉依然拥有独立意识
宇智波带土死后，也能在没有肉体的情况下，给卡卡西输送六道查克拉
甚至，宇智波斑在轮回眼中也存储了大量的，可再生的查克拉（眼睛本身没有查克拉，卡卡西、鼬有万花筒写轮眼，查克拉依然捉急），这份查克拉的能量可以影响移植者的性情
但是，我还要说一点，其实吧，单纯说“创造独立意识”这种事，在火影世界并不少见
譬如主角漩涡鸣人就能做到，很多人也能做到，那就是影分身和多重影分身
分出的分身就是有一定的独立意识的
影分身在做什么，本体是无法直接了解的
只有在影分身被解除的时候，经历过的事情才会回归本体
但是这一点在鸣人vs佩恩的时候被暂时改写了……
岸本以“又要看左边，又要看右边”作比喻
表示“不能让过多的影分身去吸收仙术”，而且“战斗用的影分身最多只有三个”
这种完全吃书型的临时设定，在以“吃醋”这种扯淡理由为借口，砍掉了鸣人的最大外挂九尾之后
砍掉了鸣人的第二大外挂——多重影分身
都说鸣人打佩恩的时候，佩恩又费蓝又超神罗的吃亏，鸣人主角光环之类的，那起码削弱的还是有理有据的
岸本此时对鸣人的削弱可是完全吃书
目的很简单——
让这场战斗打得足够好看
否则，鸣人在妙木山留四千个影分身吸收仙术查克拉，然后这边两千个影分身，人手一个螺旋手里剑OR超大玉螺旋丸
尼玛九尾都扛不住，别说佩恩了，长门亲自上都白给
或者直接仙术加九尾……
长门：卧槽，无情！
咳咳，又扯远了……
上面说了，影分身之术，就能让分离出去查克拉拥有独立意识
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