后来案件发到湖广，由湖广巡抚赵可怀和巡按御史吴楷、应朝卿会同行勘，对王府有关员役70多名且加以刑讯，都未获得能够证明华奎不是恭王所生的证据。只有朱华趆的妻子王氏依旧一口咬定朱华奎是“伪王”。地方把勘问结果申报入朝，万历皇帝命各部院大臣，会同有关官员37人，进行复勘。他们在西阙门集会廷议，但议者言各有殊，书面送交礼部。时任礼部左侍郎、署尚书事的李廷机认为言辞太繁，应“先撮其要以上”。沈一贯知道后为打击东林谠势力，嗾使其心腹、给事中钱梦皋和巡城御史康丕扬弹劾礼部“壅阏群议，不以实闻”；郭正域则以沈一贯指使沈子木“匿疏阻勘”和接受楚王贿赂等事上疏争辩。沈一贯和朱华奎接着上疏，指控郭氏乃湖广人，和朱华奎有仇怨，私下与朱华趆勾结，华趆进京就住在其兄国子监丞郭正位家中，郭正位为之出谋划策；同时授意给事中杨应文指控郭氏之父曾被楚恭王笞责，所以挟嫌报复；另一给事中钱梦皋则劾奏郭正域“陷害宗藩”。郭正域继续上疏辩解，但万历皇帝没有理会，因而愤然提出辞官。
结果：
最后，明神宗万历帝朱翊钧突然传旨停止调查此事，认为“年远无据，仇口难凭，非假甚明”，朱华趆夫妇“夫讦妻谮，不足凭据”，因而把他坐诬告降为庶人，禁锢于凤阳，后亦得释；附和他的宗人朱蕴钫等多人，或罚减俸禄，或革爵幽禁；王府两名仪宾则永远戍边充军，遂罢此事不问。
郭正域因遭沈一贯等嫉恨而被弹劾，朱华奎既得安宁，也上疏弹劾郭正域，请罢其职。郭正域无奈，只好上疏请辞，幸有人指出藩王进退大臣不可取，郭正域才暂时未被加罪，只被罢职回籍听勘。
但“楚宗之争”并未就此了结，就在奉旨结案三个月后，楚宗室聚众冲毁楚王府，抢掠财物，史称“劫杠案”。
直到万历帝出面干预，事件才得以平息。郭正域未及出都，因妖书案发，沈一贯借机陷害而系狱，几乎被拷打致死，次年五月始释归。
楚定王朱华奎后来于崇祯十六年被农民起义军张献忠装在竹笼扔进长江，“诸宗无得免者”。南明政府初谥贞王，后改谥定王。其弟朱华壁何时嗣楚王位史无明载。
后续影响：
假王一案在明朝野宗藩中震动颇大，是体现宗藩与皇帝、地方官以及百姓之间关系的典型案例，影响远超出湖广范围。时人为楚宗叫冤屈者不少，事后许多官员公开为楚宗翻案，甚者有“楚宗一事，天下无不以为冤”“真莫大之孽，国家数百年来未有者也”之说。《罪惟录》举有明一代十四伪，伪楚王华奎及宣化王华璧为其一，并认为此案“辅臣沈一贯、沈鲤互为谠，起大狱，而事竟不白，楚遂有以牛易马之讥。”《绥寇纪略》对此案亦有记载，并涉及事发缘由：“恭王长女张郡主，为讨芦洲不应，又宗人双桥负王府五百金被锁，郡主请宽，不从，怒而发其事。上遣官即讯，王行金累亿，方事得解。”其实，宗藩中为继嗣而以府外之子为子者并不稀见，仅就湖广境内言之，见于记载者有末代辽王、岷王府江川王等。假王现象暴露了血亲封藩制度的内在矛盾。
楚府经此变乱，元气大伤，上下离心，形同陌路。朱华奎“藩王之体遂轻”，群宗日益不服其统辖，“诸宗之势日肆”，地方为之骚动不已。
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